El Atlético Baleares cierra un 2016 en el que la consecución de la Copa Federación se define como el gran logro del equipo en un año complicado para los objetivos del conjunto dirigido por Ziege en Liga.
El año empezó con una derrota (0-2) ante un Valencia Mestalla que, por entonces, ocupaba posiciones de descenso. En enero, tras dos derrotas y dos victorias, el objetivo de acabar en las cuatro primeras posiciones se alejaba. El equipo, así como se dejaba puntos en Liga, pasaba rondas en la Copa Federación hasta clasificarse para la gran final contra el Rayo Majadahonda.
El Baleares llegaba al partido decisivo tras acumular cuatro empates consecutivos en Liga que le dejaban a 6 puntos del play-off de ascenso. En la ida, disputada en Madrid, ambos equipos firmaron un empate a dos tantos que dejaba abierta la eliminatoria final. En Son Malferit, el gol solitario de Jurado hizo que el trofeo se quedara en Palma. El gran hito del 2016 para el equipo dirigido por Christian Ziege fue la Copa Federación, un título que sirvió para aliviar las penas por los resultados obtenidos en Liga.
La recta final de la temporada no fue buena para los objetivos del club. 2 victorias en 8 partidos eran insuficientes para subir puestos en la clasificación y el Baleares finalizó en novena posición, a 14 puntos del cuarto clasificado, el Lleida. Del mismo modo, el equipo tampoco pudo entrar en los puestos que daban acceso a la Copa del Rey.
Tras un verano cargado de fichajes, los primeros partidos del Baleares en el curso 2016/17 dieron una buena imagen del equipo. Se mantuvo invicto hasta la quinta jornada, donde cayó en el Mini Estadi ante el filial blaugrana (2-1). Aún así, la temporada de los balearicos ha estado llena de altibajos. Después de 5 partidos sin ganar, vencieron al Valencia Mestalla, entonces líder, en Son Malferit. Después de dos victorias seguidas, vinieron dos derrotas, y otras dos victorias. La irregularidad es una característica propia del conjunto de Ziege esta temporada.
Sin embargo, los dos últimos meses del año han sido trágicos para el conjunto de Son Malferit. Desde la victoria por la mínima (0-1) en el campo del Prat el 6 de noviembre, el equipo blanquiazul no ha vuelto a ganar un partido. 5 empates y 1 derrota en Liga hacen que el Baleares cierre 2016 en la novena posición, 7 puntos por debajo de las plazas que dan acceso al play-off de ascenso.
En la racha negativa de noviembre y diciembre hay que sumar la doble derrota ante el Prat en los dieciseisavos de final de la Copa Federación. Tras caer 0-1 en Palma, el Baleares remontó en tierras catalanas la diferencia en el primer cuarto de hora de partido. Sin embargo, le acabaron cayendo 4 goles de parte del cuadro potablava que firmaron su sentencia de muerte en el torneo del que fue campeón solo unos meses atrás.
